สืบเนื่องมาจากโปรแกรมที่ใช้ออกแบบโมเดล 3 มิติ นั้นมีหลายตัว ทำให้เวลาในการบันทึกหรือ Export ไฟล์มาเพื่อใช้พิมพ์กับเครื่องปริ้น 3D นั้น อาจจะมีปัญหา เช่นผิวของโมเดลมีการกลับด้าน หรือมีส่วนผิวที่ไม่เชื่อมติดกัน ซึ่งปัญหาเหล่านี้ บางครั้งดูด้วยตาอาจจะมองไม่เห็น แต่ตัวโปรแกรมจะสามารถตรวจสอบได้ ซึ่งถ้าไปฝืนใช้โมเดลที่เสีย อาจทำให้งานปริ้นออกมาไม่ถูกต้อง ดังนั้นผู้ใช้ควรจะตรวจสอบและเช็คโมเดล 3 มิติ ก่อนที่จะทำการปริ้นทุกครั้ง ซึ่งโปรแกรมสำหรับซ่อมและตรวจเช็คไฟล์ 3 มิติ ก็มีหลายตัว ทั้งแบบใช้ฟรี หรือแบบเสียเงิน
โปรแกรมซ่อมไฟล์บางตัวอาจจะไม่สามารถซ่อมไฟล์ได้ ให้ลองเปลี่ยนไปใช้โปรแกรมซ่อมตัวอื่นดู แต่ถ้ายังซ่อมไม่ได้ แปลว่าปัญหาเกิดจาก การขึ้นโมเดล 3 มิติที่ผิดวิธี ถ้าเกิดแบบนี้ ให้เขียนโมเดลขึ้นมาใหม่จะดีกว่า
3D Builder
โปรแกรม 3D Builder เป็นโปรแกรมฟรีเหมือนกัน และเป็นโปรแกรมของทาง Microsoft เอง ซึ่งถ้าใครลง Window 10 ไว้ ก็จะมีมาให้ใช้เลย ไม่ต้องไปดาวน์โหลดเพิ่มเติม ซึ่งการใช้งานก็ง่ายมาก และซ่อมโมเดลได้ดีในระดับนึง แต่คอมพิวเตอร์ต้องเสปคแรงหน่อย ไม่งั้นมีอาการค้างเหมือนกัน ซึ่งโปรแกรม 3D Builder นั้นสามารถซ่อมโมเดลได้ในหลายข้อผิดพลาด รวมถึงการ Intersecting faces ให้เป็นก้อนเดียวกัน ก็ทำได้ ข้อเสียของโปรแกรม 3D Builder ก็คือ ใช้เวลาซ่อมโมเดล 3 มิตินาน บางทีทำให้นึกว่าเครื่องคอมพิวเตอร์ค้าง
Mesh Mixer
สำหรับ Mesh Mixer เป็นโปรแกรมของทางค่าย Autodesk เป็นโปรแกรมสารพัดประโยชน์ ใช้ซ่อมไฟล์ก็ได้ หรือจะทำโมเดลกลวงก็ทำได้ ตัวโปรแกรม มีให้ใช้ทั้ง Mac และ Window เป็นโปรแกรมฟรี สามารถโหลดมาใช้ได้ โดยไม่ติดลิขสิทธิ์